La sociedad virreinal era conservadora y clasista. Los hijos de españoles nacidos en América (los criollos) tenían en un principio menor estatus que los propios españoles, y estaban impedidos de acceder a los más altos cargos. Debajo de ellos, en la escala social, estaban los indígenas y los mestizos. Sólo los curacas andinos conservaron parte de sus antiguos privilegios y merecieron instituciones especiales como escuelas para hijos de nobles. Se importaron esclavos de África ecuatorial y fueron colocados en el último escalón de la sociedad.

Algunas instituciones incas fueron mantenidas pero corrompidas en perjuicio de la población andina. La mita, por ejemplo, se usó de excusa para el reclutamiento sin retribución de personal para el trabajo en las minas y las haciendas. Pero no fueron los únicos problemas de los andinos: Durante el gobierno del virrey Francisco de Toledo (1569-1581) se hizo reorganizaciones forzosas de las comunidades andinas en pueblos llamados reducciones de indios. Además la religión católica fue impuesta a la población andina en medio de una agresiva evangelización caracterizada por la destrucción sistemática de santuarios y símbolos religiosos (Extirpación de idolatrías).

El mercantilismo imperaba y el libre comercio no fue permitido sino hasta mediados del siglo XVIII, lo que no impidió la existencia del contrabando de manera abundante. El centro comercial por excelencia era la aduana del Callao, puerto de Lima, desde donde se enviaba a España (vía Panamá) la plata extraída de las minas de plata de Potosí. De hecho fue la extracción de metales la actividad económica más lucrativa de la economía colonial pero fueron importantes también la agricultura (en grandes heredades controladas por ricas familias y órdenes religiosas) y la industria textil (obrajes).

Desde los tiempos de los conquistadores se fundaron nuevas ciudades algunas de las cuales alcanzaron un gran esplendor registrado en la riqueza de sus templos, como Arequipa, Huamanga (Ayacucho), Huancavelica, Trujillo, Zaña y las refundadas ciudades incas de Cuzco y Cajamarca.

Hacia el 200 a.C. la civilización andina había evolucionado a formas políticas más complejas. La agricultura se hizo extensiva, construyéndose grandes irrigaciones sobre los desiertos de la costa norte y central e ingeniosos acueductos subterráneos en la costa sur. Las sociedades Moche, Nazca, Recuay, Cajamarca, Vicus, Lima y Tiahuanaco (esta con capital en un gran centro ceremonial del mismo nombre en el norte de Bolivia) son las más conocidas y exitosas de este período. La mayoría de ellas parece haber estado regida por sofisticadas élites guerreras que alentaban la producción de objetos de arte de gran calidad, que son considerados algunas de las obras más importantes del arte americano precolombino (especialmente la alfarería moche, nazca y recuay; el tejido nazca, la joyería moche, el arte lítico tiahuanacota).